
Un des éléments fondamentaux du jailbreak est MobileSubstrate, un jeu de librairies dynamiques (dylib, équivalents des DLLs de Windows). MobileSubstrate facilite les injections de code et est donc utilisé par de nombreux programmes Cydia pour modifier les thèmes graphiques, ajouter des fonctions à des applications, etc., tout en procurant un « mode sans échec » en cas de problème majeur. MobileSubstrate a été revu par Freeman et est désormais CydiaSubstrate, qui sera disponible pour iOS comme pour Mac OS X.
On pourra donc utiliser CydiaSubstrate pour modifier des comportements du Mac, qu'il s'agisse là encore de thèmes, d'ajouts de fonctions, ou de modifications dans une application. Freeman cite par exemple « une version d'iTunes qui ne proposerait pas de mises à jour d'iOS » à un iPhone jailbreaké pour éviter tout problème, ou la modification de la fréquence de sauvegarde de Time Machine. Avec l'avantage que ces modifications basées sur CydiaSubstrate, gratuites ou payantes, seraient centralisées dans un Cydia Store et donc faciles à mettre à jour.
Ce sont les développeurs qui vont être contents : le dernier système similaire en date, celui des haxies avec l'Application Enhancer d'Unsanity, leur compliquait la tâche en créant parfois des bogues qui ne provenaient pas de l'application elle-même, mais du code injecté. On se souvient ainsi de problèmes majeurs lors de la mise à jour vers Leopard — Apple elle-même refusait d'ailleurs de prendre en compte tout rapport de bogue indiquant l'installation de haxies…